Et si l’on pouvait détecter plus tôt les changements génétiques du parasite responsable du paludisme avant qu’ils ne compromettent davantage l’efficacité des traitements ? C’est l’une des questions auxquelles apporte une nouvelle contribution une équipe internationale de chercheurs comprenant le Malien Dr Karamoko Niaré, génomicien spécialiste du paludisme à Brown University, aux États-Unis.
Les travaux portent sur une variation génétique de Plasmodium falciparum, le parasite responsable de la grande majorité des cas graves de paludisme en Afrique. Ils mettent en évidence un nouveau signal génétique associé à une diminution de la sensibilité du parasite à plusieurs antipaludiques.
Une signature génétique jusque-là moins connue
Au cœur de l’étude se trouve le gène PX1, identifié sous la référence PF3D7_0720700, situé sur le chromosome 7 du parasite. Les chercheurs ont identifié un ensemble particulier de variations génétiques regroupées sous le nom d’haplotype PIN. Celui-ci comprend notamment trois variations du gène PX1 et deux petites modifications génétiques appelées indels.
L’intérêt de cette découverte tient à son histoire. Selon les données analysées, le marqueur PIN était déjà présent dans des échantillons datant de 2008 en Ouganda. Il s’est ensuite propagé progressivement, jusqu’à dépasser une prévalence de 50 % dans le nord de l’Ouganda en 2016 et dans l’est du pays en 2023.
Autrement dit, une modification génétique du parasite circulait et augmentait en fréquence pendant des années, alors que les chercheurs surveillaient déjà d’autres marqueurs connus liés à la diminution de sensibilité aux antipaludiques.
Luméfantrine, méfloquine et dihydroartémisinine concernés
Les chercheurs ont ensuite comparé la réponse de parasites porteurs ou non de cette signature génétique à différents médicaments.
Le résultat est particulièrement important : les parasites porteurs de l’haplotype PIN ont présenté une sensibilité significativement réduite à la luméfantrine, à la méfloquine et à la dihydroartémisinine lors de tests ex vivo. Cette association était observée même lorsque les parasites ne présentaient pas certaines mutations connues du gène K13.
Il faut toutefois faire une distinction essentielle : la découverte ne signifie pas que tous les traitements antipaludiques sont désormais inefficaces ni que le marqueur PIN constitue à lui seul la preuve d’une résistance clinique généralisée. Les résultats établissent surtout une association entre cette signature génétique et une diminution de sensibilité observée expérimentalement.
Cette nuance est importante pour la compréhension du phénomène.
Pourquoi cette découverte est-elle importante ?
La lutte contre le paludisme repose largement sur la capacité à conserver l’efficacité des traitements disponibles. Lorsque les parasites développent progressivement des caractéristiques leur permettant de moins bien répondre aux médicaments, les systèmes de santé doivent pouvoir détecter cette évolution le plus tôt possible.
C’est là que la génomique prend toute son importance.
Plutôt que d’attendre que des échecs thérapeutiques se multiplient sur le terrain, les chercheurs peuvent rechercher dans l’ADN des parasites les signatures génétiques qui se développent et se propagent au sein des populations parasitaires.
L’haplotype PIN pourrait ainsi devenir un marqueur supplémentaire à surveiller dans les programmes de surveillance génomique du paludisme, même si des recherches supplémentaires seront nécessaires pour déterminer précisément son rôle biologique et sa portée dans d’autres populations de parasites africains. Les auteurs eux-mêmes présentent PX1 comme un locus candidat susceptible d’influencer la sensibilité à plusieurs médicaments.
Le rôle du chercheur malien
Cette avancée porte également une dimension particulière pour le Mali.
Karamoko Niaré est affilié au Department of Pathology and Laboratory Medicine de Brown University et au Center for Computational Molecular Biology de cette université. Il travaille depuis plusieurs années sur la génomique de Plasmodium et la surveillance moléculaire du paludisme.
Sa contribution ne se limite d’ailleurs pas à cette étude. Il figure également parmi les auteurs de travaux consacrés au développement d’outils permettant d’analyser rapidement les variations génétiques de Plasmodium falciparum, ainsi qu’à la caractérisation des populations parasitaires circulant en Afrique.
Son parcours illustre ainsi la place croissante de la génomique dans la recherche africaine sur les maladies infectieuses.
Une alerte scientifique plutôt qu’une fatalité
La découverte du marqueur PIN doit surtout être comprise comme un signal d’alerte scientifique.
Elle montre que le parasite évolue et que certaines variations génétiques peuvent se diffuser silencieusement dans une population avant que leur importance ne soit pleinement comprise.
Pour les chercheurs, l’enjeu est donc désormais de déterminer jusqu’où cette signature génétique s’est propagée, comment elle influence précisément le fonctionnement du parasite et quelle importance elle pourrait avoir dans d’autres régions d’Afrique.
Pour les systèmes de santé, l’intérêt réside dans la possibilité d’intégrer de nouveaux marqueurs génétiques aux dispositifs de surveillance afin de disposer d’une image toujours plus précise de l’évolution du parasite.
Pour le Mali, la contribution du Dr Karamoko Niaré constitue une illustration remarquable de la capacité de chercheurs maliens à participer à des travaux de pointe sur un problème de santé qui touche directement le continent africain.
La bataille contre le paludisme ne se joue donc pas seulement dans les centres de santé. Elle se joue également dans les laboratoires, dans les données génomiques et dans la capacité des chercheurs à repérer, parfois plusieurs années à l’avance, les mutations susceptibles de modifier le comportement du parasite.
Kémoko Diabaté
